公民投票法2003年12月底修正通過，因為當時的立法院為國民黨多數的國會，並不希望執政的民進黨推行公投法，而履履杯葛執政黨立委版本的提案，最後通過的版本除了設計了各種的「高門檻」，更加了「公投審議委員會」這個特殊機關來控制提案的成案與否，也讓公投被戲稱為「鳥籠公投」—形式上徒有公投權利，實質上卻絕難突破門檻、藉透過公投來改變任何重大議題。
目前舉行過的全國性公投。表格整理：六都春秋。
目前中華民國曾舉辦過六次全國性公投。除了第一、二案是以國家安全受到威脅，由總統提出、經行政院同意發動，不需公民連署外，其餘四案都是經過了知名政治人物來領銜提案，過程耗費了許多時間、金錢進行宣傳與動員，能通過提案門檻與公審會的審查，最後更連署達百萬份才能來符合高門檻、付諸選民公投。
但上述六項全國性公投案卻遭遇了另一個高門檻而被否決，即投票人數達全國有投票權人總數二分之一以上，且有效投票數超過二分之一同意，是所謂的「雙二一門檻」。這樣的設計使政黨以拒領公投票的政治操作，使得少數方藉著故意不參與投票，變相強迫中立方變成反對方，形成制度上不合理障礙，完全不符合民主國家的實現直接民權的精神。
過去公投法有著人民提案與連署的高門檻、公投審議委員會、再加上通過的雙二一門檻等障礙的制度設計，反而阻礙人民落實直接民權的可能，所以有「鳥籠公投」之嫌。
綜觀這次修法簡評五大方向：
一、降低投票年齡
全世界絕大部分民主國家，公民年滿十八歲即擁有選舉權，包括英國、美國、德國等都已將投票年齡訂為十八歲，韓國則在2007年降為十九歲，日本更是在去年6月已將投票權之年齡限制下修至十八歲。台灣已是東亞諸國中，唯一維持二十歲始具選舉權之高門檻國家。
從法體系方面切入，刑法、兵役法、公務人員考試法等，皆以年滿十八歲為負完全刑事責任、服兵役任務、應考試服公職的起始年齡；勞動基準法甚至以年滿十六歲者，即適用所有勞動法令。十八歲既已負擔完全刑事責任、保家衛國及服公職，又能與成人一般參與社會勞動貢獻，甚至繳稅，本應賦予年輕族群同等參與政治之權，促進青年世代之公眾參與。
本次修法已將公投投票年齡限制下修為18歲。圖片取自台灣少年權益與福利促進聯盟。
但還是要提醒讀者，除了公民投票權的下修之外，民法上的成年更應該與之配合，未來也須一併修法，使法體系能更趨於完整。至於人民的選舉權，是憲法明文規定的條文，在另一個修憲制度的高門檻下，仍有待未來朝野立委諸公們的努力。
二、電子提案與連署
過去提案與連署均使用傳統紙本方式，造成提案與連署表格的填寫、黏貼耗費鉅大人力、物力與財力，也造成審核機關在審查上的行政作業成本。然而現今資訊通訊科技發達，政府本有責任建置電子系統，來大幅減輕提案人與行政單位之負擔，使人民更便於推動公民投票案，使政府與人民雙贏。
三、廢除公投審議委員會
公審會委員的組成，依當時的國會席次比例由政黨推薦委員組成。由於過去國會多數皆為國民黨，公審會成員多以泛藍背景為主，對於提案的意識形態更常帶有主觀的偏見，因此過去公審會不僅未發揮協助人民行使直接民權的功能，更十次封殺了人民辛苦簽署、至少九萬份的提案連署書，比如蔡英文在98年7月提出「你是否同意台灣與中國簽訂之經濟合作架構協議（ECFA），政府應交付台灣人民公民投票決定？」便被以議題內容不明確、未提出具體之立法原則、就未發生之事實提請進行公投等理由駁回提案，儼然成為過去政府用以控制公民投票提案之工具。
蔡英文針對ECFA提出的公投被公審會駁回。圖片取自影片截圖。
公民投票是「直接民權」的制度性展現，除了程序要件是否完備之外，「實質內容」不應該受政府行政機關審查，這次修法廢除與體例有所出入的特別機關公審會，將審查機關改為主管選舉事務的中央選舉會，且僅負責公投的「程序事項」審查，不過問實質內容，以免意識形態的加諸提案內容，杜絕過去的不公。
四、降低提案與連署門檻
公民投票法的提案程序分為提案及連署兩階段，修法前的全國性公民投票案需經提案時最近一次總統、副總統大選選舉人總數千分之五之提案人數（約為九萬人）提案，提案經公審會審查後再進入第二階段之連署，其連署門檻為最近一次總統、副總統選舉選舉人總數百分之五之連署人數（約為九十三萬人）。
前述有說到全國性的公投只有四案是以人民連署的方式，皆是民進黨與國民黨所提，當時九十三萬人以上的連署書，除了動員全國各地黨部與相關利益團體的地方駐點拉人連署外，一般的人民或者社團豈有這種能力與財力，能在提案審查過後的半年內，從原本的九萬人連署再衝到九十三萬的人這樣的人口數？
為消除此等對人民公投權利之不當障礙，有必要大幅降低全國性公民投票的提案及連署門檻，提案門檻的設計目的本就在於發動主管機關對該提案程序事項的初步審核，自應大幅降低其門檻。這次修法大幅放寬了提案的門檻，由千分之五改為萬分之一，大約一千八百人而已！
就成案後的連署而言，當時立法院各版本的門檻皆有，但最後以我國總統、副總統選舉罷免法規定獨立參選人的連署門檻僅要求總選舉人數之百分之一點五，公民投票的連署門檻不應超過，所以在最後連署成案的門檻，就從百分之五改為了百分之一點五，也就是從過去的九十三萬份連署書下修成只要至少二十八萬份就有機會成案了！
五、降低通過表決門檻
修法前公民投票法要求公民投票投票結果，需要投票人數達全國有投票權人總數二分之一以上，且有效投票數超過二分之一同意者，即所謂的「雙二一門檻」。這樣的門檻無疑過分嚴苛，殊難想像如果沒有與大選的一起宣傳的氣氛下，有投票權的人兩個中就要有一個人出來投票。這樣制度設計下，使反對者無須說明理由、只需要消極抵制，而且對此議題沒有意見便視同反對，顯然是一種壓抑公民對話的不公平設計，同時亦阻礙公民投票權利行使。
公民投票法立法的主要目的，本是在協助公民順利行使直接民權，使人民有創制與複決重大公共議題的權利，過於嚴苛的通過門檻，會阻礙直接民權的實踐。對於公民投票案投票結果認定，在這次修正為有效同意票數多於不同意票數，但仍保留了有效同意票達投票權人總數四分之一的門檻，一方面除了避免簡單多數決造成民意不具正當性外，四分之一也大約至少有四百九十幾萬同意票，可以說在重大議題上有一定的民意基礎，也較能使人信服。
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